高級實驗技術實時熒光定量PCR

關于高級實驗技術實時熒光定量PCR23.05.20231第1頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.20232常規PCR的定量在PCR反應中，理論上擴增產物的量與起始樣本中模板的含量成正比。但受多種因素的影響，其精確定量模板的可信度明顯不足。第2頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.20233PCR擴增為指數擴增，每一擴增周期后產物的量可以下式表達：Yn=Yn-1·(1+E)=Yn-2·(1+E)2=…=X·(1+E)n

0≤E≤1其中E表示擴增效率，Yn表示在n個周期后PCR產物的分子數量，Yn-1為n-1個周期后PCR產物的分子數量。第3頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.20234Realityvs.TheoryAmplificationisexponential,buttheexponentialincreaseislimited:AlinearincreasefollowsexponentialEventuallyplateausTheoreticalRealLifeLogTargetDNA第4頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.20235影響PCR擴增效率的因素:PCR定量的困難?引物/靶的雜交反應試劑的相對量樣本在擴增儀中的位置的不同臨床樣本中DNA聚合酶抑制物的存在PCR擴增模板的量靶核酸鏈的再退火及酶過量可致E降低第5頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.20236定量的最佳時期Quantitativeinformationcomesfrommonitoringtheearlystagesofamplification.RealLifeDetectorTheoreticalLogTargetDNACycle#第6頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.20237PCR和定量問題

高濃度/高效率

高濃度/低效率

低濃度/高效率

N : 擴增分子的數目n : 擴增循環的次數log-phaseanalysisNnend-pointanalysis第7頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.20238為克服上述不足，人們設計出包括內標法、外標法、競爭、酶聯、尿苷酶降解等多種定量方法。第8頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.20239內標法在不同的PCR反應管中加入已知量的內標模板和引物，內標模板可由基因工程合成或采用已知量的標準品。在樣品模板擴增的同時，內標模板也被擴增。二者的擴增產物可通過電泳或其它方法分離，以內標為對照進行樣本模板定量。第9頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202310定量PCR

——外標準方法

在擴增檢測待測樣本的同時，擴增一系列稀釋的已知標準（通常為質粒DNA）如果在該標準稀釋系列范圍內，擴增產物/模板成線性相關，則可推導出同時擴增的待測樣本中PCR模板的相對量第10頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202311定量PCR

——外標準方法第11頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202312定量PCR

——外標準方法優點：方法簡便，容易建立使用雙孔重復測定可得到非常準確的結果甚至可排除管間的差異不能排除樣本間的差異第12頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202313定量PCR

——外標準方法缺點PCR反應體系的微小區別也會對測定造成較大的影響在擴增效率上的差異，會使定量測定精密度和重復性不佳第13頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202314使用外標定量的要求必須進行方法的精密度（批內變異）和重復性（批間變異）分析，以確定其應用的局限性必須在擴增的指數期進行第14頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202315競爭法將含有一個新內切酶位點的外源性模板加入PCR反應管中，待測樣品模板與外源性模板用同一對引物進行擴增，經內切酶消化競爭性模板的產物成為兩個片段，通過電泳等分離檢測，根據已知模板的量推測未知模板的起始拷貝數。第15頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202316酶聯免疫利用地高辛或生物素等標記引物，擴增產物被固定在固相板上特異的探針所結合，再加入抗地高辛或生物素抗體－辣根過氧化物酶結合物，檢測酶底物顯色情況，通過內標－標準曲線實現定量檢測的目的。第16頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202317酶聯雜交法捕獲探針（檢測TNF-α）

3'–TCGGCGTAGCGGCAGAGGATGGTCT-CCCCCC-NH2-5'檢測探針（檢測TNF-α）

3'-Biotin-TTGGGGCTCACTGTTCGGACATCGGGTA-5'第17頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202318

：NH2標記的探針

：Biotin標記的探針Avidin-HRP顯色系統

：NOS基團酶聯雜交法第18頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202319定量PCR

——動力學方法

首先，確定PCR擴增的效率（E）然后，根據相應的公式計算原始模板數第19頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202320影響PCR擴增效率（E）的因素整個擴增過程中：E取決于：引物/靶核酸的雜交反應試劑的相對量DNA聚合酶/靶核酸之比例*其他可能影響E的因素（系統之間的差異）樣本在擴增儀中的位置不同的臨床樣本中DNA聚合酶抑制物的去除程度靶核酸鏈的再退火及酶過量可致Ev降低第20頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202321改良方法：極限稀釋分析首先將原始模板進行梯度稀釋然后對該稀釋系列進行PCR擴增測定最低的陽性樣本被認為含有與一已知的標準稀釋系列中最后的陽性樣本中相同量的PCR模板第21頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202322

極限稀釋法示意圖第22頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202323

極限稀釋法優點：不需要特殊設備方法簡單缺點：第23頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202324

極限稀釋分析的缺點①必須建立擴增反應條件的標準化：如初始含量、試劑濃度和比例、循環參數等②不同批次的PCR測定的效率有可能不同，因而測定重復性較差③含低拷貝數的樣本中存在高斯（Gaussian）（正態）分布。因此，為正確判定最低陽性樣本，必須對每一稀釋度多次重復測定

嚴格注意污染，避免假陽性的產生第24頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202325傳統PCR定量方法的特點和不足1.定量的準確度：傳統PCR定量方法的共同特點是針對PCR擴增的最終產物進行分析。因受酶活性、擴增效率、尤其是平臺效應等諸多因素的影響，檢測重現性極差，無法直接從終產物量推算出起始模板的精確含量。第25頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.2023262.假陽性污染：傳統PCR定量方法均依賴于各種不同類型的PCR后處理過程，這些過程極易使數量巨大的PCR擴增產物飛散到實驗室的環境中，造成待檢樣本的污染，導致假陽性結果的上升。傳統PCR定量方法的特點和不足第26頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202327實時熒光定量PCR在PCR反應體系中引入DNA結合熒光染料或熒光探針，對每一循環擴增反應產物DNA片段的累積情況進行實時監測記錄，通過數學模型實現對起始模板的定量及定性的分析。其特點為全封閉（污染少）、高精確、高靈敏。第27頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202328實時熒光定量與常規PCR的區別常規PCR：

通過電泳、酶聯等后處理技術，對PCR擴增反應的終末產物進行定量及定性分析。實時熒光定量PCR：通過引入DNA結合熒光染料或熒光探針，對PCR擴增反應過程中每一輪循環產物的累積進行實時檢測，從而實現對起始模板的定量及定性分析。第28頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202329PCRRealtimePCRS1S2M實時熒光定量與常規PCR的區別第29頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202330在實時熒光定量PCR技術中常用的概念熒光共振能量轉移（fluorescenceresonanceenergytransfer,FRET）：在兩個不同的熒光基團中，如果一個熒光基團（供體）的發射光譜與另一基團（受體）的激發光譜有一定的重疊，當兩個基團之間的距離足夠近（小于100?）時，以供體基團的激發波長進行激發，可獲得由受體基團發射的熒光。第30頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202331即：在供體基團的激發狀態下由一對偶極子介導的能量直接轉移給了受體。在此過程中沒有光子的參與，是非輻射性的能量轉移過程，轉移效率與供體－受體兩個基團之間距離的6次冪倒數成正比例。第31頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202332FRET產生條件1.存在熒光供體和受體，而且供體的發色光譜與受體的激發光譜有重疊常用的FRET組合：

CFP-YFP/CFP-dsRED/BFP-GFP/GFP-dsRED/YFP-dsRED/Cy3-Cy5/Alexa488-Alexa555/Alexa488-Cy3/FITC-TRITC/YFP-TRITC/YFP-Cy3

第32頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202333

2供體和受體的距離足夠近：1-10nm

（1－10nm為分子內/間互作的距離：如蛋白質構象轉變、酶催化反應等。）

——超顯微觀察

3合適偶極方向

4足夠熒光壽命 無FRETFRETFRET產生條件第33頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202334熒光域值線（fluorescencethresholdline）：背景熒光與熒光信號的分界值，可以通過標準曲線或經驗來設定，常設定為初始3-7個循環熒光值標準差的10倍。在實時熒光定量PCR技術中常用的概念第34頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202335閾值第35頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202336ThresholdlineC(t)valueCt值：是在PCR擴增過程中，各反應管的熒光信號與熒光域值線的交叉點所對應的循環次數（指數擴增的開始階段）。在實時熒光定量PCR技術中常用的概念第36頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202337CT值熒光信號穿過閾值線時的循環次數第37頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202338

每個模板的Ct值與該模板的起始拷貝數的對數值存在線性關系。起始拷貝數越多，Ct值越小。用已知起始拷貝數的標準品可作出標準曲線，由此可對樣本中目標基因的含量進行精確計算。初始模板濃度的確定第38頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202339DetermineC(t)valueforunknownInterpolatequantityofunknownusingthestandardcurveunknown104103Unknowncontains3108copies第39頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202340用Ct值定量的意義實時熒光定量PCR方法利用循環閾值（Ct）的概念，在指數擴增的開始階段進行檢測，此時樣品間的細小誤差尚未放大，因此該Ct值具有極好的重復性。

第40頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202341

相同模板在同一臺PCR儀上相同條件下重復96次擴增的擴增曲線圖

終點處檢測產物量不恒定；Ct值則極具重現性

第41頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202342絕對定量成為可能靈敏度高：可檢測10–100個細胞中１個拷貝數量的基因低拷貝基因的檢測細小倍數差異樣品的檢測實時熒光定量PCR的優勢第42頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202343線性范圍寬(6-9個數量級)，無需稀釋高濃度樣品可以在一次實驗中同時檢測定量高表達和低表達基因熒光探針使PCR產物檢測特異性進一步提高全封閉無PCR后處理*幾乎沒有污染機會實時熒光定量PCR的優勢第43頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202344

相對定量和絕對定量：相對定量指的是確定樣本中靶序列相對于另一參照樣本中靶序列量的變化值，絕對定量指的是確定樣本中靶序列的拷貝數。實時熒光定量PCR的定量方法第44頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202345相對定量的方法：標準曲線法比較Ct值法絕對定量的方法：標準曲線法實時熒光定量PCR的定量方法第45頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202346標準曲線法：制作標準曲線的標準序列的絕對量是未知的，將標準品進行相對稀釋制成曲線，用以計算樣本靶序列的含量，結果為樣本靶序列與標準序列的比值。相對定量方法第46頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202347比較Ct法:運用數學公式計算相對量，前提是假設每個循環增加一倍的產物量，在PCR反應的指數期得到Ct值來計算起始模板的量。前提：靶基因和內源控制物的擴增效率基本一致。相對定量方法第47頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202348標準曲線法：制作標準曲線的標準序列的絕對量是已知的，將標準品進行相對稀釋制成曲線，用以計算樣本靶序列的含量，結果為樣本靶序列的絕對含量。質粒DNA和體外轉入的RNA常用作絕對定量標準品。標準品的量可根據260nm的吸光度值并用DNA或RNA的分子量來換算成其拷貝數。絕對定量方法第48頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202349DNA結合染色：SYBRGreen1水解探針：TaqManMolecularBeacons熒光標記引物雜交探針實時熒光定量PCR使用的熒光化學方法第49頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202350SYBRGreenISYBRGreen1第50頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202351SYBRGreenI工作原理SYBRGreen1

結合到雙鏈DNA的小溝部位SYBRGreen1

染料只有和雙鏈DNA結合后才發熒光。GTTTGGCCCCCCCAAAGGGACTTGATAGCATCGTAA第51頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202352BoundSYBRGreenIUnboundSYBRGreenIPCRSYBRGreenIfluorescenceincreasesuponbindingdsDNAPost-amplificationmeltingcurveanalysisSYBRGreenI工作原理第52頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202353SYBRGreenI工作原理第53頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202354熒光強度Vs溫度熒光強度的變化是由于溫度不斷升高雙鏈DNA解離，SGI重新游離到溶液中Tm是熔解曲線的特征值TemperatureincreasesFluorescencedecreasesTmSYBRGreenI熔解曲線分析第54頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202355以熒光值隨溫度變化作負導-dIdTTmSYBRGreenI熔解曲線分析第55頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202356SYBRGreen熔解曲線分析

第56頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202357SYBRGreen法優缺點優點:對DNA模板沒有選擇性適用于任何DNA使用方便--不必設計復雜探針非常靈敏便宜第57頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202358SYBRGreenI反應體系的設計反應體系的組成：傳統PCR反應體系+SYBRGreenI1.SG濃度：終濃度1:5,000－1:100,000，一般為1:10,000—1:70,000第58頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202359

2.Primer濃度：設計原則同普通PCR

終濃度50nM－300nM

固定模板濃度的梯度實驗不加模板的對照實驗（NTC）

——有無非特異信號SYBRGreenI反應體系的設計第59頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202360

熔解曲線的分析——是否單峰

建議使用HPLC純化的引物3.MgCl2濃度

降低MgCl2濃度以減少非特異性產物

最低可至1.5nM同時做梯度實驗和NTC對照SYBRGreenI反應體系的設計第60頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202361

4.反應溫度和時間參數：反應溫度參考所用酶的種類；退火溫度使用溫度梯度功能優化；反應時間與常規PCR類似；擴增片斷一般為200－300bp。SYBRGreenI反應體系的設計第61頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202362不同讀板溫度對實驗結果的影響：80℃第62頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202363不同讀板溫度對實驗結果的影響：86℃第63頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202364

SYBRGreenI的特點和不足不涉及特異的探針，方法設計簡單，特異性差；熒光強度依賴于體系中所有的dsDNA分子，不能區分引物二聚體、非特異性擴增片斷等；通過繪制溶解曲線可較好地保證特異性。

第64頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202365優化的讀板溫度

-高于非特異產物的Tm值

-低于目標產物的Tm值AmpliconNon-specificproducts熔解曲線分析的應用第65頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202366TaqMan探針熒光素淬滅劑TaqMan水解型雜交探針第66頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202367TaqMan目標特異性探針5’為熒光素，3’為淬滅劑5’熒光素3’淬滅劑與目標序列互補第67頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202368RQReporterQuencherRQIntactprobe-reporterquenchedbyFRETFRRQDuringPCR,probehybridizestotargetsequenceRQProbeispartiallydisplacedduringextensionRQProbecleavedby5’-3’nucleaseactivityofpolymeraseRQFreereporterexhibitsunquenchedfluorescenceTaqMan工作原理第68頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202369Taqman探針反應體系的設計引物、探針設計原則：優先選擇探針的序列；Tm值應比引物的Tm值高8－10度（68－70）；GC含量：30－80％；長度不應超過30堿基，18-30bp,optimal20；5’端不應是G，G有可能會淬滅熒光素。第69頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202370Taqman探針反應體系的設計選擇合適的模板鏈，使探針的Cs>Gs；擴增片斷不超過400bp，通常為80－150bp。避免相同堿基連續出現，特別是四個或四個以上Gs連續出現；引物應盡量靠近探針；引物的Tm值為59－60度，長度約20堿基；避免引物、探針之間的二級結構。第70頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202371引物、探針濃度的優化目標：最高的信號/背景比，最小的Ct值引物濃度：50nM－900nM

探針濃度：50nM－250nM

通過多次實驗確定各自的濃度和比例Taqman探針反應體系的設計第71頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202372Taqman探針的不足采用熒光淬滅及雙末端標記，淬滅難以徹底，本底較高；采用酶外切活性，受酶性能影響；探針標記成本較高。改進：用不發光的淬滅熒光分子取代TAMRA第72頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202373Molecular

BeaconsMolecularBeacons發夾型雜交探針第73頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202374MolecularBeacons莖由互補配對的序列組成環與目標序列完全配對莖熒光素淬滅劑環第74頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202375Target-loopinteractionmorestablethanstem-stemTACCGGGGGTTACGAACGGTAATTTTTGCCCCCAAAAQRTargetDuringtheannealingstep:ProbebindstargetReporterandquencherseparatedTarget-specificfluorescenceMolecularBeacons

第75頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202376MolecularBeacons特點和不足對目標序列有很高的特異性；是用于SNP檢測的最靈敏的試劑之一；采用非熒光染料作為淬滅分子，熒光本底低；不能完全與模板結合，穩定性差；探針合成標記較復雜。第76頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202377引物/探針設計和評估相關的免費網站

1．引物/探針的設計

?

Primer3(WhiteheadInstitute,MIT)

/cgi-bin/primer3/primer3_www.cgi

?

GeneFisher(BielefeldUniversity)

http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/cgi-bin/gf_submit?mode=STARTUP&qid=na&sample=dna

?

第77頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202378

1．引物/探針的設計

?

FastPCR(Biocenter,UniversityofHelsinki)

http://www.biocenter.helsinki.fi/bi/bare-1_html/oligos.htm

?

PerlPrimer(OwenMarshall)

/

?

PrimerDesignAssistant(DivisionofBiostatisticsandBioinformatics,NationalHealthResearchInstitutes)

.tw/primer/

引物/探針設計和評估相關的免費網站第78頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202379．2.反轉錄(RT)PCR引物設計

?

ExonPrimer(TechnischeUniversit?t,München)

http://ihg.gsf.de/ihg/ExonPrimer.html

?

AutoPrimer(DeutschesKrebsforschungszentrum)

http://www.autoprime.de/

3.引物特異性的驗證

?

Blast(NCBI) /BLAST/引物/探針設計和評估相關的免費網站第79頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202380

?

GeneWalker(Cybergene)

http://www.cybergene.se/primerdesign/genewalker/genewalker11.html

?

OligonucleotideAnalyzer(RNAture)

/oligonucleotide.html

?

OligonucleotidePropertiesCalculator(NorthwesternUniversity)

/biotools/oligocalc.html

?

mfold(MichaelZuker,RensselaerPolytechnicInstitute)

/applications/mfold/old/dna/引物/探針設計和評估相關的免費網站第80頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.2023815．擴增子二級結構的評估

?

mfold(MichaelZuker,RensselaerPolytechnicInstitute)

/applications/mfold/old/dna/

引物/探針設計和評估相關的免費網站第81頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202382實時熒光定量PCR技術的應用

病原體檢測；腫瘤研究；基因表達研究；免疫組份分析；基因突變及多態性的研究第82頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202383實時熒光定量PCR技術的應用

病原體檢測：檢測患者血清中肝炎病毒濃度為臨床藥物治療和療效觀察提供依據；檢測HIV的量預測發病時間；選擇治療藥物：干擾素對肝炎病毒高拷貝者不敏感，對低拷貝者敏感。第83頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202384實時熒光定量PCR技術的應用

腫瘤研究：癌基因及其相關基因的定量檢測可進行腫瘤的早期診斷、分型、分期和預后判斷；檢測治療中和治療后微量殘余惡性細胞存在的數量，作為治療效果和估計復發危險性的依據。第84頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202385基因差異表達研究標準曲線法

使用標準曲線來確定基因表達上的差異相對定量法(2－△△Ct法)

不使用標準曲線，直接分析得到基因差異表達的倍數關系第85頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202386標準曲線法步驟：1.通過標準曲線分別測出目標基因和內標基因的量2.均一化校正（Normalization)3.比較不同樣品間目標基因表達差異第86頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202387相對定量法前提目標基因和看家基因的擴增效率一致，且接近100％。步驟通過實時熒光曲線得到目標基因和看家基因的Ct值均一化校準△Ct=Ct目標基因－Ct看家基因△△Ctn=△Ctn－△Ct0（不同時間、不同組織)基因差異表達的倍數＝2－△△Ct第87頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202388基因突變及多態性-SNP檢測第88頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202389基因分型方法

使用TaqMan探針

(雙色法)溶解曲線

(單色法)序列特異PCR(單色法)第89頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202390FRFQGVQTCSNPG/AFQGVQTForwardprimerReverseprimerAllele-specificprobeAllele-specificprobe用TaqMan探針進行基因型分析SNP檢測-基因型分析第90頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202391QF5’GCQ5’3’CGFQV5’3’CTQ5’3’HybridizationofTaqManProbeDigestionofprobe-fluorescenceNOdigestionofprobe-NOfluorescenceTVQGFQMatchforAllele1ReducedEfficiencyofProbeHybridizationMismatchforAllele1Polymerase多色雙通道技術應用-基因型分析第91頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202392從病人血液樣品中提取DNA基因型分類：A/A(Allele1)G/G(Allele2)G/A(Heterozygote)CFQTVQ多色雙通道技術應用-基因型分析第92頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202393Allele1controlVICFAM多色雙通道技術應用-基因型分析第93頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202394Allele2controlVICFAM多色雙通道技術應用-基因型分析第94頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202395HeterozygotecontrolFAMVIC多色雙通道技術應用-基因型分析第95頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202396VICFAM第96頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202397多色雙通道技術應用-基因型分析第97頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202398SYBRGreenI進行SNP分析T5’PCRprimerswithSNPsiteat3’endC5’

末端不匹配會導致PCR效率上有大約1000倍的差異，由此導致產物積累會有10個cycles延遲

末端匹配與否，與反應終產物量的多少沒有必然聯系

PCR#1PCR#2第98頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.202399SYBRGreenI進行SNP分析MatchMismatch第99頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.2023100SYBRGreenI進行基因分型Amplicon1Amplicon2GCHigherTm…distinctthermalprofileLowerTm…distinctthermalprofile第100頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.2023101SYBRGreenI進行基因分型Intensity-dI/dT第101頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.2023102TaqMan?MicroRNA分析方法

加長靶基因的反轉錄熒光定量PCR第102頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.2023103miRNAs的研究

MicroRNAs是一種內源性長度在２２個堿基左右的RNA分子，它在動植物中具有重要的基因調控作用，它們通過與mRNAs結合抑制翻譯或造成mRNAs被酶解切割而起作用目前在各種生命體中發現的miRNAs類型共有約700種以上,通過實驗驗證或經數據庫和軟件推測其中人源的約有２００種高豐度存在：平均每個細胞中約有50,000個拷貝第103頁，課件共116頁，創作于2023年2月23.05.2023104為什么miRNAs非常重要?MicroRNAs是一類新的基因調控因子某些miRNAs控制了動植物的發育理解miRNA的功能將幫助現在流行的siRNA實驗結果：RNA干擾／基因沉默MicroRNA